การจัดระบบมาตรฐานฟาร์มของประเทศไทย ทั้งมาตรฐานฟาร์มเลี้ยงสุกร มาตรฐานฟาร์มเลี้ยงไก่เนื้อ มาตรฐานฟาร์มโคนมและการผลิตน้ำนมดิบ จะมีการควบคุมการใช้ยาสัตว์ตาม มอก. 7001 -2540 ข้อกำหนดการควบคุมการใช้ยาสำหรับสัตว์โดยมีสัตวแพทย์ผู้ควบคุมฟาร์มเป็นผู้รับผิดชอบการใช้ยาสำหรับสัตว์เพื่อให้เป็นไปตามมาตรฐาน และในปริมาณที่เหมาะสมกับการใช้รักษาหรือการป้องกันโรคสัตว์ในฟาร์มนั้น ๆทั้งการใช้ยาสัตว์หรือเภสัชเคมีภัณฑ์ที่ถูกต้องตามกฎหมาย ซึ่งจะจำแนกได้เป็น 3 กลุ่มใหญ่ ๆ คือ ยาแผนปัจจุบันสำหรับสัตว์ตามพระราชบัญญัติยา พ.ศ. 2510 ยาที่ผสมอยู่ในอาหารสัตว์ตามพระราชบัญญัติควบคุมคุณภาพอาหารสัตว์ พ.ศ. 2525 ยาฆ่าเชื้อโรคที่ใช้สำหรับสัตว์ที่จัดเป็นวัตถุอันตรายตามพระราชบัญญัติวัตถุอันตราย พ.ศ. 2535
ยาสัตว์ตามมาตรฐานฟาร์ม ต้องมีเลขทะเบียนตำรับกำกับไว้อย่างถูกต้องตามกฎหมายรวมถึงคุณภาพต้องได้มาตรฐาน มีประสิทธิภาพและความปลอดภัยต่อสัตว์ เลขทะเบียนตำรับยาสามารถดูได้จากฉลากและเอกสารกำกับการใช้ยา ซึ่งฉลากและเอกสารกำกับการใช้ยาจะมีความสำคัญต่อผู้ใช้ยามาก เพราะข้อมูลต่างๆ ที่พิมพ์ไว้จะทำให้ผู้ใช้ยาได้ทราบถึงชนิดของยา ชื่อยา คำเตือนในการใช้ยาและรายละเอียดอื่นๆ เพื่อให้ผู้ใช้ยาใช้ได้อย่างถูกต้อง เพราะยาบางชนิดถ้านำไปใช้ในสัตว์แล้วนอกจากจะใช้ไม่ได้ผลในการักษาแล้วยังอาจจะก่อให้เกิดอันตรายต่อสัตว์ หรือเป็นเหตุให้สัตว์เสียชีวิตอีกด้วย ดังนั้นถ้ายาชนิดใดมีฉลากและเอกสารกำกับยาที่มีข้อความถูกต้องชัดเจน ก็จะช่วยลดความผิดพลาดในการใช้ยาได้ และยังเป็นประโยชน์ต่อเจ้าหน้าที่ในการติดตามตรวจสอบคุณภาพของยา ผู้ผลิต ผู้นำเข้า หรือผู้กระทำการฝ่าฝืนพระราชบัญญัติยา พ.ศ. 2510 ได้อย่างรวดเร็วอีกด้วย
ความหมายของฉลากยาที่แสดงไว้บนภาชนะหรือหีบห่อบรรจุยานั้น ยาสำหรับสัตว์ที่มีตัวยาออกฤทธิ์เพียงตัวเดียวเลขทะเบียนตำรับยาจะขึ้นต้นด้วยเลข 1 และถ้ามีตัวยาสำคัญตั้งแต่สองตัวขึ้นไปจะขึ้นต้นด้วยเลข 2 อักษร D หมายถึงยาสำหรับสัตว์ที่ผลิตในประเทศ อักษร E หมายถึงยาสำหรับสัตว์ที่นำหรือสั่งเข้ามาจากต่างประเทศ นำมาแบ่งบรรจุในประเทศ และอักษร F เป็นยาสำหรับสัตว์ที่นำหรือสั่งเข้ามาจากต่างประเทศ ตัวอย่างเช่น 1D 32/42 หมายความว่า 1D เป็นตัวยาสำหรับสัตว์ที่ผลิตขึ้นภายในประเทศมีตัวยาออกฤทธิ์เพียงตัวเดียว ส่วนเลข 32 เป็นเลขลำดับที่ได้รับการอนุญาตให้ขึ้นทะเบียนตำรับยา และตามด้วย ปี พ.ศ. ที่ได้รับการขึ้นทะเบียนเอกสารกำกับยาต้องมีข้อความที่อ่านได้ชัดเจน ถ้าเป็นภาษาต่างประเทศต้องมีคำแปลเป็นภาษาไทยและต้องมีคำเตือนการใช้ยาด้วย
การใช้ยาสัตว์ในมาตรฐานฟาร์มปศุสัตว์ มีวัตถุประสงค์เพื่อป้องกันโรคและการบำบัดรักษาโรค ซึ่งจะต้องใช้โดยสัตวแพทย์หรือตามใบสั่งยาของสัตว์แพทย์เท่านั้น และจะมีการบันทึกข้อมูลภายหลังการใช้ ทุกครั้ง ข้อมูลที่บันทึกคือ ชนิดของยาสัตว์ ปริมาณ วันที่ใช้ยาสัตว์ ข้อมูลของสัตว์ยาที่ได้รับยาและต้องมีการเก็บข้อมูลที่บันทึกไว้เป็นเวลา 2 ปี หลังจากการใช้ยาสัตว์ต้องปฏิบัติตามระยะเวลาหยุดยาก่อนส่งโรงฆ่า หรือรีดนมตามที่กำหนดไว้ในฉลากยา และต้องคำนึงถึงสิ่งแวดล้อมเวลาทิ้งขยะหลักการให้ยา ส่วนการจัดซื้อยาสัตว์และการเก็บรักษา ต้องปฏิบัติตามหลักเกณฑ์ที่ระบุไว้ในฉลากยาหรือเอกสารกำกับยาอย่างเป็นระบบ เพื่อให้สามารถใช้ยาใหม่ตลอดเวลา
การควบคุมการใช้ยาสัตว์ในระบบมาตรฐานฟาร์ม จะให้ประโยชน์กับเกษตรกรผู้เลี้ยงสัตว์ คือ สามารถใช้ยาได้ถูกต้องตามหลักวิชาการ การรักษาโรคได้ผลดี โดยเฉพาะอย่างยิ่งการกำหนดระยะการหยุดยาก่อนนำสัตว์ส่งโรงฆ่าสัตว์หรือก่อนรีดนมส่งขาย ผู้บริโภคได้บริโภคเนื้อสัตว์และน้ำนมที่ปลอดภัย และลดความเสี่ยงจากการได้รับยาสัตว์ตกค้างในผลิตภัณฑ์สัตว์ ไข่ นม รวมถึงสามารถส่งเนื้อสัตว์และผลิตภัณฑ์สัตว์ออกไปจำหน่ายยังต่างประเทศได้เพิ่มมากขึ้น